Javascript o Java? Son dos cosas distintas, Javascript tendría que tener el browser del celular (tengo entendido que no tiene, pero no estoy seguro). Java como plataforma sí tiene (esto te permite ejecutar programas diseñados en este código, tales como Opera Mini, Mig33, Argim Mobile, etc)
Sobre el tema de los permisos, tendrías que hacerle un flash al celular o tratar de darle permisos a las aplicaciones según indica
esta guía (click para ver).
Probá y contanos si ves algún progreso o todo sigue igual así te vamos ayudando

Saludos.